Nel 1918 con Decreto Luogotenenziale n° 719 del 19 maggio 1918 l’Erbario e Museo Coloniale venne trasferito a Firenze presso il R. Istituto di Studi Superiori Pratici e di Perfezionamento di Firenze (ora Università) e assunse la denominazione di Regio Erbario Coloniale. Il trasferimento a Firenze fu propugnato dall’allora direttore Prof. Pirotta, allo scopo di riunire le collezioni di Roma con quelle di piante delle Colonie facenti parte dell’Erbario Generale Fiorentino (ora Museo Botanico).

Il documento legale che sancisce il passaggio e il numero delle piante provenienti da Roma è l’"Allegato all’atto di consegna dell’Erbario Coloniale al Direttore del Regio Istituto Botanico di Firenze. Inventario" ed è firmato dal Prof. Pirotta, Direttore dell’Erbario di Roma come donante e dal Prof. Baccarini, Direttore del R. Istituto Botanico dell’Istituto di Studi Superiori di Firenze come ricevente (22 Marzo 1915).

Nel 1969 la denominazione dell'Erbario è passata da Erbario Coloniale di Firenze ad Erbario Tropicale di Firenze dato che le collezioni si erano arricchite di piante provenienti dalla fascia tropicale e non più solo dalle ex colonie italiane. La legge di cambiamento del nome confermava nei suoi articoli che l’Erbario Tropicale di Firenze era una istituzione scientifica destinata allo studio della flora e della vegetazione tropicale. Il suo patrimonio scientifico è rappresentato da collezioni di piante provenienti per lo più dall’Africa orientale (Eritrea, Etiopia, Somalia) e paesi confinati (Kenya, Tanzania, Sudan, ecc.). Recentemente sono state aggiunte anche piante di altre parti dell’Africa tropicale, dell’Arabia, di Israele e dell’America centro-meridionale.

L’Erbario Tropicale di Firenze è una istituzione che ha le raccolte di piante dell’Africa orientale più importanti al mondo e attraverso il loro studio ha contribuito in maniera determinante alla conoscenza della flora di questi territori.

Fino al 1967 l’Erbario Tropicale di Firenze ha pubblicato circa 50 lavori quasi esclusivamente dedicati alla flora e vegetazione di Eritrea, Etiopia e Somalia. Dal 1967 ad oggi, sono state prodotte 85 pubblicazioni di cui 47 dedicate alla flora e vegetazione di Somalia ed Etiopia (per esempio la serie Adumbratio Florae Aethiopicae, Pichi-Sermolli ed. 1953-1978) e le altre riguardanti studi floristici e vegetazionali di altre parti dell’Africa (Kenya e Mozambico), Asia (Iran e Qatar) e America (Perù).

Conserva quasi tutti i campioni TYPUS (esemplari su cui è descritta per la prima volta una specie) del Chiovenda e di altri studiosi, oltre a numerosi TYPUS che sono stati riconosciuti sul materiale dell’Erbario Tropicale in occasione di revisioni monografiche da parte di specialisti.

Importante collezione dal punto di vista storico è quella dell'Erbario Levier, costituita da piante raccolte da Schimper in Abissinia e datate per la quasi totalità 1854, anno dell’ultimo suo viaggio.

L. Buscalioni piante dell’Etiopia (1915); J. Gillett piante dell’Etiopia e della Somalia; Istituto Agricolo Coloniale (vari raccoglitori e Uffici Agrari locali) piante dell’Eritrea, dell’Etiopia e della Somalia; Missioni della Consolata (vari raccoglitori) piante del Kenya; A. Pappi piante dell’Eritrea e dell’Etiopia; N. Puccioni e G. Stefanini piante della Somalia (1924); Regia Accademia d’Italia (Missione Zavattari) piante del Paese dei Borana (Etiopia) raccolte da Cufodontis (1937); L. Senni piante della Somalia (1929) e dell’Etiopia (1936-37); A. Vatova piante della Somalia e dell’Etiopia (1937); Mazzocchi-Alemanni piante dell’Angola (1923) e Baldrati piante dell’Eritrea (1920).

Per quanto riguarda le acquisizioni dall'estero, l'Erbario si è accresciuto tramite un'intensa attività di scambio principalmente con l’Erbario di Kew, con l'East African Herbarium di Nairobi e con gli Erbari di Ginevra, Coimbra, St. Louis, Washington, Madrid, Uppsala, Copenhagen, Wageningen ed altri. Tramite questi scambi sono giunte importanti collezioni quali quelle di Collenette, Gilbert, Gillett, Greenway, Kuchar, Mooney, Radcliffe-Smith, Verdcourt , Vollesen e Thulin.

Un incremento numerico dell'Erbario si è avuto anche con l'acquisizione delle piante derivanti da numerose spedizioni effettuate sia da collaboratori sia da personale dell'Erbario stesso. Le più importanti in ordine cronologico sono quelle del 1959 in Somalia di Moggi e Bavazzano, del 1964 in Cameroun e 1969 in Mozambico di Bavazzano, delle missioni del 1971, 1973, 1975 e 1976 in Somalia di Bavazzano, Moggi, Sartoni e Tardelli, del 1978 in Perù di Giugnolini e Tardelli, del 1979-80 in Yemen di Steinberg, del 1983 sempre in Yemen di Cuccuini, del 1979, 1981, 1982 in Somalia di Moggi e Tardelli, del 1986 in Somalia di Tardelli, del 1986 di Bigazzi e Tardelli in Turchia; del 1987 in Etiopia e Marocco di Bigazzi e Tardelli; del 1988 in Australia di Pignatti, del 1992 in Kenya di Moggi e Tardelli.

In questo arco di tempo si annoverano molte donazioni di grande pregio naturalistico che hanno arricchito il patrimonio dell'Erbario, come la collezione di Chedeville di Gibuti, di Smeds e di Mercier dell'Etiopia, di Sammicheli, di Merla, Azzaroli, Fois della Somalia, ecc.

La presenza di importanti collezioni storiche rende l’Erbario Tropicale di Firenze una delle istituzioni più importanti per lo studio della Flora dell’Africa Orientale. Basti solo ricordare che nell’Erbario Tropicale sono contenuti circa tremilacinquecento "tipi" di piante, cioè di campioni su cui sono state descritte le nuove diverse specie, subspecie o varietà. Il materiale dell’Erbario è ed è stato fonte di numerose ricerche da parte di studiosi italiani ed esteri specialmente negli ultimi anni a causa della stesura ancora in corso della Flora of Somalia e della Flora of Ethiopia and Eritrea in cui sono coinvolti vari istituti esteri e l’Erbario Tropicale stesso.